در اجرای ماده(11) قانون دیوان محاسبات کشور، رئیس کل دیوان محاسبات با معرفی کمیسیون برنامه و بودجه و محاسبات و رأی نمایندگان مجلس شورای اسلامی انتخاب می گردد. دیوان محاسبات کشور تنها دستگاه نظارتی است که جدای از قوه مجریه انجام وظیفه می کند و رئیس آن مستقیماً از سوی مجلس شورای اسلامی انتخاب می شود.

در ساختار سازمانی دیوان محاسبات، رئیس کل بالاترین مقام سازمان است و در رأس تشکیلات سازمانی قرار دارد. مسئولیت کلیه اهداف و وظایف دیوان محاسبات بر عهده رئیس کل می باشد و دفتر ریاست، دفتر مرکزی حراست و دفتر روابط عمومی و امور بین الملل زیرنظر مستقیم رئیس کل انجام وظیفه می نمایند.

در حال حاضر، آقای دکتر مهرداد بذرپاش منتخب نمایندگان دوره یازدهم مجلس شورای اسلامی به عنوان رئیس کل دیوان محاسبات کشور می باشد.